Verrucomicrobia

*Verrucomicrobia*
Verrucomicrobia
Научная классификация
	Домен: Бактерии Тип: Verrucomicrobia
Международное научное название
	Verrucomicrobia Hedlund 1997
ITIS	956126
NCBI	74201
EOL	289

Verrucomicrobia (лат., от лат. verruca — бугорок) — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение^[2].

ОписаниеПравить

Представители Verrucomicrobia — грамотрицательные бактерии, у многих из которых на поверхности имеются простеки (бугорки), за что тип и получил своё название. Клетки — палочковидные, овоидные, одиночные или в парах, веретеновидные. У Prosthecobacter^[en] на одном из конце клетки имеется уникальное бульбовидное утолщение. По типу питания Verrucomicrobia — хемоорганогетеротрофы и сбраживают разнообразные сахара^[3]. Некоторые представители способны окислять метан при экстремально низких значениях рН^[4]^[5].

Среди Verrucomicrobia есть анаэробы, факультативные анаэробы и аэробы; лучше всего представители филы растут при температуре 25 °C и pH от 4 до 7. Помимо почв, встречаются в пресноводных водоёмах, пелагиали и желудочно-кишечном тракте человека^[3].

СистематикаПравить

По данным филогенетического анализа, ближайшими родственниками Verrumicrobia являются представители типа Chlamydiae^[en]^[6]. В 2008 году был секвенирован и опубликован геном одного из представителей типа, Methylacidiphilum infernorum^[en]. Его анализ указал на возможное родство Verrumicrobia и протеобактерий^[7].

ФилогенияПравить

Ниже представлено филогенетическое дерево Verrumicrobia, построенное по последовательностям 16S рРНК в рамках проекта The All-Species Living Tree^[en].

Verrumicrobia

Opitutae

Puniceicoccaceae

Coraliomargarita akajimensis

Puniceicoccus vermicola

Cerasicoccus arenae

Opitutaceae

Opitutus terrae^[en]

Alterococcus agarolyticus

Pelagicoccus

P. croceus

P. mobilis (типовой вид)

P. albus

P. litoralis

Verrucomicrobiales

Limisphaera ngatamarikiensis

Verrucomicrobiaceae

Terrimicrobium sacchariphilum

Verrucomicrobium spinosum^[en]

Roseimicrobium gellanilyticum

Prosthecobacter

P. fluviatilis

P. vanneervenii

Brevifollis gellanilyticus

P. algae

P. dejongeii

P. debontii

P. fusiformis (типовой вид)

Akkermansia muciniphila^[en]

Luteolibacter

L. cuticulihirudinis

L. pohnpeiensis (типовой вид)

Haloferula

H. rosea (типовой вид)

Roseibacillus

R. persicicus

R. ishigakijimensis (типовой вид)

R. ponti

Persicirhabdus sediminis

Rubritalea

R. sabuli

R. halochordaticola

R. squalenifaciens

R. marina (типовой вид)

R. spongiae

R. tangerina

КлассификацияПравить

На декабрь 2017 года в тип включают следующие таксоны до рода включительно^[8]:

Класс "Spartobacteria"

Роды incertae sedis
- Род Terrimicrobium

Класс Opitutae Choo et al. 2007
- Порядок Opitutales Choo et al. 2007
  - Семейство Opitutaceae Choo et al. 2007
    - Роды Alterococcus, Opitutus
- Порядок Puniceicoccales Choo et al. 2007
  - Семейство Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
    - Роды Cerasicoccus, Coraliomargarita, Pelagicoccus, Puniceicoccus
Класс Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008
- Порядок Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008
  - Семейство Akkermansiaceae Hedlund and Derrien 2012
    - Род Akkermansia
  - Семейство Rubritaleaceae Hedlund 2012
    - Род Rubritalea
  - Семейство Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008
    - Роды Brevifollis, Haloferula, Luteolibacter, Persicirhabdus, Prosthecobacter, Roseibacillus, Roseimicrobium, Verrucomicrobium
  - Роды incertae sedis
    - Род Limisphaera

ПримечанияПравить

↑ Hedlund B. P., Gosink J. J., Staley J. T. Verrucomicrobia div. nov., a new division of the bacteria containing three new species of Prosthecobacter. (англ.) // Antonie Van Leeuwenhoek. — 1997. — July (vol. 72, no. 1). — P. 29—38. — PMID 9296261. [исправить]
↑ Пиневич, 2006, с. 127—128.
↑ ¹ ² Пиневич, 2006, с. 128.
↑ Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike S. M., Op Den Camp Huub J. M. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. — 2007. — Vol. 450. — P. 874—878. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature06222. [исправить]
↑ Dunfield P. F., Yuryev A., Senin P., Smirnova A. V., Stott M. B., Hou S., Ly B., Saw J. H., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Mountain B. W., Crowe M. A., Weatherby T. M., Bodelier P. L., Liesack W., Feng L., Wang L., Alam M. Methane oxidation by an extremely acidophilic bacterium of the phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 450, no. 7171. — P. 879—882. — doi:10.1038/nature06411. — PMID 18004300. [исправить]
↑ Griffiths E., Gupta R. S. Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae. (англ.) // Microbiology (Reading, England). — 2007. — August (vol. 153, no. Pt 8). — P. 2648—2654. — doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. — PMID 17660429. [исправить]
↑ Hou S., Makarova K. S., Saw J. H., Senin P., Ly B. V., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Galperin M. Y., Omelchenko M. V., Wolf Y. I., Yutin N., Koonin E. V., Stott M. B., Mountain B. W., Crowe M. A., Smirnova A. V., Dunfield P. F., Feng L., Wang L., Alam M. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Biology Direct. — 2008. — 1 July (vol. 3). — P. 26—26. — doi:10.1186/1745-6150-3-26. — PMID 18593465. [исправить]
↑ Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) : Version 2.0 : [англ.] // LPSN. — 2016. — 2 October.

ЛитератураПравить

Пиневич А. В. Микробиология. Биология прокариотов: в 3 т. — СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 2006. — ISBN 5-288-04056-7.

[1] Hedlund B. P., Gosink J. J., Staley J. T. Verrucomicrobia div. nov., a new division of the bacteria containing three new species of Prosthecobacter. (англ.) // Antonie Van Leeuwenhoek. — 1997. — July (vol. 72, no. 1). — P. 29—38. — PMID 9296261. [исправить]

[_82e919aad74b4877-2] Пиневич, 2006, с. 127—128.

[_4b4913aebd71a8e9-3] ¹ ² Пиневич, 2006, с. 128.

[4] Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike S. M., Op Den Camp Huub J. M. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. — 2007. — Vol. 450. — P. 874—878. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature06222. [исправить]

[5] Dunfield P. F., Yuryev A., Senin P., Smirnova A. V., Stott M. B., Hou S., Ly B., Saw J. H., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Mountain B. W., Crowe M. A., Weatherby T. M., Bodelier P. L., Liesack W., Feng L., Wang L., Alam M. Methane oxidation by an extremely acidophilic bacterium of the phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 450, no. 7171. — P. 879—882. — doi:10.1038/nature06411. — PMID 18004300. [исправить]

[6] Griffiths E., Gupta R. S. Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae. (англ.) // Microbiology (Reading, England). — 2007. — August (vol. 153, no. Pt 8). — P. 2648—2654. — doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. — PMID 17660429. [исправить]

[7] Hou S., Makarova K. S., Saw J. H., Senin P., Ly B. V., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Galperin M. Y., Omelchenko M. V., Wolf Y. I., Yutin N., Koonin E. V., Stott M. B., Mountain B. W., Crowe M. A., Smirnova A. V., Dunfield P. F., Feng L., Wang L., Alam M. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Biology Direct. — 2008. — 1 July (vol. 3). — P. 26—26. — doi:10.1186/1745-6150-3-26. — PMID 18593465. [исправить]

[LPSN_all-8] Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) : Version 2.0 : [англ.] // LPSN. — 2016. — 2 October.

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]