Pacmanvirus A23

*Pacmanvirus A23*
Pacmanvirus A23
Научная классификация
	Группа: Вирусы Реалм: incertae sedis Вид: Pacmanvirus A23
Международное научное название
	Pacmanvirus A23
Группа по Балтимору
	I: дцДНК-вирусы
NCBI	1932881

Pacmanvirus A23 (лат.), также известный как Pacmanvirus — гигантский вирус, который морфологически и генетически близок к двум другим гигантским вирусам, Faustovirus и Kaumoebavirus, а также вирусам семейства Asfarviridae. Свое название эти вирусы получили за форму капсида, наблюдаемую при негативном окрашивании в электронный микроскоп: он похож на главного героя одноимённой видеоигры Pac-Man^[3].

Вирус был обнаружен в 2017 году при совместной культивации амёб Acanthamoeba castellanii с различными образцами окружающей среды, взятыми из Алжира^[4].

По состоянию на июль 2021 года вид Pacmanvirus A23 не зарегистрирован в базе данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)^[5].

ОписаниеПравить

Капсид Pacmanvirus имеет икосаэдрическую, но слегка неправильную форму (которой и обязан своим названием) и достигает около 175 нм в размерах, причём внутренняя мембрана вируса повторяет геометрию капсида. Геном Pacmanvirus представлен двуцепочечной молекулой ДНК, состоящей из 395405 пар оснований (п. о.). GC-состав генома достигает около 33,6 %, что ниже, чем у родственных ему вирусов. Вероятнее всего, геномная ДНК имеет не кольцевую, а линейную форму. В геноме Pacmanvirus полностью отсутствуют большие повторы или инвертированные участки. В геноме был обнаружен один ген тРНК — ген изолейциновой тРНК, хотя родственные вирусы не содержат генов тРНК. Согласно данным биоинформатического анализа, геном Pacmanvirus содержит 465 предсказанных генов. 135 из них родственны генам других вирусов, 45 — генам эукариот, 41 — генам прокариот (38 генам бактерий и 3 генам архей). По данным анализа репертуара генов ближайшим родственником Pacmanvirus является гигантский вирус Faustovirus: они имеют 84 общих гена. С Kaumoebavirus Pacmanvirus роднят 9 генов, 11 генов — с гигантскими вирусами рода Marseillevirus, 9 генов — с мимивирусами^[en] и лишь 2 с вирусами семейства Asfarviridae. 3 гена похожи на гены Acanthamoeba castellanii, а 4 — на гены слизевика Dictyostelium^[en]. 244 генов не имеют известных гомологов, и только лишь 155 генов имеют функциональную аннотацию^[en]^[4].

Жизненный циклПравить

По сравнению с мимивирусом Pacmanvirus размножается в клетках амёбы Acanthamoeba castellanii чрезвычайно быстро. Первые повреждённые клетки начинают появляться через 6 часов после заражения, а ещё через два часа происходит полный лизис клеток амёбы. Уже спустя 15 минут после контакта вируса и амёбы вирусные частицы выявляются в фагоцитозных вакуолях, а потом и в цитоплазме клетки, причём открытия капсида не наблюдается. Скорее всего, в цитоплазме вирусы взаимодействуют с митохондриями, но слияния мембран^[en] не происходит. Выход ДНК из капсидов пронаблюдать не удалось, хотя в цитоплазме выявлялись пустые капсиды. Через 3 часа после заражения в клетках амёб появляются хорошо оформленные вирусные фабрики, однако новосформированные вирионы становятся различимы только через 4 часа после заражения. Через 6 часов клетка амёбы становится заполнена вирусными частицами, которые иногда даже формируют скопления правильной геометрической формы во всей клетке или некоторых её частях на периферии вирусной фабрики. Наконец, через 8 часов после проникновения вируса в клетку наступает лизис последней^[4].

Филогения и родственные связиПравить

Согласно филогенетическому дереву, построенному на основании последовательности генов семейства^[en] ДНК-полимеразы B, Pacmanvirus, Kaumoebavirus, Faustovirus и Asfarviridae формируют монофилетическую кладу. По-видимому, эти вирусы имели общего предка. По архитектуре капсида Faustovirus наиболее близок к Pacmanvirus^[4].

ПримечанияПравить

↑ Таксон не признан Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV).
↑ Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
↑ Colson Philippe, La Scola Bernard, Raoult Didier. Giant Viruses of Amoebae: A Journey Through Innovative Research and Paradigm Changes (англ.) // Annual Review of Virology. — 2017. — 29 September (vol. 4, no. 1). — P. 61—85. — ISSN 2327-056X. — doi:10.1146/annurev-virology-101416-041816. [исправить]
↑ ¹ ² ³ ⁴ Andreani J., Khalil J. Y. B., Sevvana M., Benamar S., Di Pinto F., Bitam I., Colson P., Klose T., Rossmann M. G., Raoult D., La Scola B. Pacmanvirus, a New Giant Icosahedral Virus at the Crossroads between Asfarviridae and Faustoviruses. (англ.) // Journal Of Virology. — 2017. — 15 July (vol. 91, no. 14). — doi:10.1128/JVI.00212-17. — PMID 28446673. [исправить]
↑ Search Pacmanvirus in ICTV database (неопр.). Дата обращения: 1 августа 2021. Архивировано из оригинала 4 октября 2013 года.

СсылкиПравить

Pacmanvirus A23 (англ.) на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). (Дата обращения: 20 ноября 2018).
Taxonomy - Pacmanvirus A23 : [англ.] // UniProt. — UniProt Consortium. (Дата обращения: 20 ноября 2018).

[1] Таксон не признан Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV).

[2] Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).

[:6-3] Colson Philippe, La Scola Bernard, Raoult Didier. Giant Viruses of Amoebae: A Journey Through Innovative Research and Paradigm Changes (англ.) // Annual Review of Virology. — 2017. — 29 September (vol. 4, no. 1). — P. 61—85. — ISSN 2327-056X. — doi:10.1146/annurev-virology-101416-041816. [исправить]

[Pac-4] ¹ ² ³ ⁴ Andreani J., Khalil J. Y. B., Sevvana M., Benamar S., Di Pinto F., Bitam I., Colson P., Klose T., Rossmann M. G., Raoult D., La Scola B. Pacmanvirus, a New Giant Icosahedral Virus at the Crossroads between Asfarviridae and Faustoviruses. (англ.) // Journal Of Virology. — 2017. — 15 July (vol. 91, no. 14). — doi:10.1128/JVI.00212-17. — PMID 28446673. [исправить]

[5] Search Pacmanvirus in ICTV database (неопр.). Дата обращения: 1 августа 2021. Архивировано из оригинала 4 октября 2013 года.

[3]

[2]

[1]

[4]

[5]