Pax6

Pax6, или белок аниридии II типа, или окулоромбин — белок, тканеспецифический транскрипционный фактор. У человека закодирован в гене PAX6.

Pax6
Доступные структуры PDB Поиск ортологов: PDBe RCSB Список идентификаторов PDB 2CUE, 6PAX
Идентификаторы
Псевдонимы	PAX6, AN, AN2, D11S812E, FVH1, MGDA, WAGR, paired box 6, ASGD5
Внешние ID	OMIM: 607108 MGI: 97490 HomoloGene: 1212 GeneCards: PAX6
Расположение гена (человек) Хр. 11-я хромосома человека Локус 11p13 Начало 31,784,779 bp Конец 31,818,062 bp
Расположение гена (Мышь) Хр. 2-я хромосома мыши Локус 2 E3|2 55.31 cM Начало 105,499,245 bp Конец 105,527,709 bp
Паттерн экспрессии РНК Bgee Человек Мышь (ортолог) Наибольшая экспрессия в external globus pallidus Region I of hippocampus proper Наибольшая экспрессия в conjunctival fornix cerebellar cortex optic vesicle Дополнительные справочные данные BioGPS Дополнительные справочные данные
Генная онтология Молекулярная функция связывание с белками плазмы ДНК-связывающий sequence-specific DNA binding ubiquitin-protein transferase activity DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific chromatin binding DNA-binding transcription factor activity transcription factor binding protein kinase binding ubiquitin protein ligase binding histone acetyltransferase binding co-SMAD binding R-SMAD binding HMG box domain binding RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Компонент клетки цитоплазма клеточное ядро нуклеоплазма цитозоль внутренний компонент клетки Биологический процесс развитие глаз развитие кровеносных сосудов морфогенез органа животных ДНК-зависимая регуляция транскрипции glucose homeostasis транскрипция, ДНК-зависимая central nervous system development response to wounding Дифференцировка клеток cornea development in camera-type eye negative regulation of neurogenesis зрительное восприятие iris morphogenesis multicellular organism development neuron fate commitment protein ubiquitination negative regulation of transcription by RNA polymerase II establishment of mitotic spindle orientation cell fate determination neuron migration negative regulation of protein phosphorylation positive regulation of neuroblast proliferation lens development in camera-type eye регионализация type B pancreatic cell differentiation pancreatic A cell development regulation of transcription by RNA polymerase II transcription by RNA polymerase II smoothened signaling pathway axonogenesis Аксональное наведение развитие мозга salivary gland morphogenesis негативная регуляция пролиферации клеток regulation of asymmetric cell division dorsal/ventral axis specification anterior/posterior pattern specification dorsal/ventral pattern formation regulation of gene expression positive regulation of gene expression pallium development oligodendrocyte cell fate specification cerebral cortex regionalization forebrain dorsal/ventral pattern formation commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain forebrain-midbrain boundary formation telencephalon regionalization развитие гипофиза развитие поводка эпиталамуса signal transduction involved in regulation of gene expression keratinocyte differentiation regulation of cell migration positive regulation of epithelial cell differentiation развитие переднего мозга развитие слёзных желёз protein localization to organelle eye photoreceptor cell development camera-type eye development cell fate commitment negative regulation of neuron differentiation ДНК-зависимая позитивная регуляция транскрипции положительная регуляция транскрипции РНК полимеразой II промотор regulation of timing of cell differentiation embryonic camera-type eye morphogenesis astrocyte differentiation negative regulation of epithelial cell proliferation regulation of neurogenesis retina development in camera-type eye cellular response to leukemia inhibitory factor negative regulation of neural precursor cell proliferation positive regulation of core promoter binding Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи Вид Человек Мышь Entrez 5080 18508 Ensembl ENSG00000007372 ENSMUSG00000027168 UniProt P26367 P63015 RefSeq (мРНК) NM_000280 NM_001127612 NM_001258462 NM_001258463 NM_001258464 NM_001258465 NM_001310158 NM_001310159 NM_001310160 NM_001310161 NM_001604 NM_001244198 NM_001244200 NM_001244201 NM_001244202 NM_013627 NM_001310144 NM_001310145 NM_001310146 RefSeq (белок) NP_000271 NP_001121084 NP_001245391 NP_001245392 NP_001245393 NP_001245394 NP_001297087 NP_001297088 NP_001297089 NP_001297090 NP_001595 NP_001355816 NP_001355817 NP_001355818 NP_001355819 NP_001355820 NP_001355821 NP_001355822 NP_001355823 NP_001355828 NP_001355829 NP_001355830 NP_001355831 NP_001355832 NP_001355833 NP_001355834 NP_001355835 NP_001355836 NP_001355837 NP_001355838 NP_001355839 NP_001355840 NP_001355841 NP_001355842 NP_001355843 NP_001355844 NP_001355845 NP_001355846 NP_001355847 NP_001355848 NP_001355849 NP_001355850 NP_001355851 NP_001355852 NP_001355853 NP_001355854 NP_001355855 NP_001355856 NP_001355857 NP_001355858 NP_001355859 NP_001231127 NP_001231129 NP_001231130 NP_001231131 NP_001297073 NP_001297074 NP_001297075 NP_038655 Локус (UCSC) Chr 11: 31.78 – 31.82 Mb Chr 2: 105.5 – 105.53 Mb Поиск по PubMed Искать Искать
Информация в Викиданных
Смотреть (человек) Смотреть (мышь)

ФункцииПравить

Pax6 является членом семейства генов PAX. Он выступает в качестве «центра управления» генами (англ. master control gene) при развитии глаз и других органов чувств, а также некоторых нервных и эпидермальных тканей и других гомологичных структур, обычно возникающих из тканей эктодермального происхождения. Однако было признано, что для развития глаз необходимы и другие командные гены, и поэтому выражение «центр управления» генами может быть неточным. Этот фактор транскрипции наиболее известен участием в индуцированной экспрессии эктопических глаз и имеет медицинское значение, потому что гетерозиготные мутанты обладают широким спектром глазных дефектов, таких как аниридия у людей.

Разнообразие среди животныхПравить

 

Изменения результатов Pax6 в подобных фенотипических изменениях морфологии глаза и функции в широком диапазоне видов

Функции белка Pax6 сходны у животных с двусторонней симметрией. Например, белок Pax6 мыши у дрозофилы Drosophila melanogaster запускает процесс образования эктопических глаз на конечностях и других участках тела. Белок Pax6 человека и мыши имеет одинаковую последовательность аминокислот. Геномная организация локуса Pax6 значительно варьирует у разных видов, в том числе различаются количество и распределение экзонов, цис-регуляторных элементов и сайтов инициации транскрипции. Первая работа по организации гена Pax6 была проведена на перепеле, однако локус мыши изучен более подробно. Он имеет как минимум два промотора (P0 и P1), 16 экзонов и не менее 6 энхансеров. 16 подтвержденных экзонов пронумерованы числами от 0 до 13 с дополнениями экзона α, расположенного между экзонами 4 и 5, и подверженного альтернативному сплайсингу экзона 5а. Каждый промотор, связанный с его собственным проксимальным экзоном (экзон 0 для P0, экзон 1 для P1), в результате дает свой транскрипт, подверженный альтернативному сплайсингу в 5'-нетранслируемой области. Считалось, что четырёх ортологов Pax6 у дрозофилы только генные продукты двух генов — eyeless и toy функционально гомологичны генным продуктам канонической изоформы Pax6 позвоночных, в то время как генные продукты двух других генов дрозофилы — EYG и её копии TOE функциональной гомологичны генным продуктам Pax6 (5а) изоформы позвоночных.

ИзоформыПравить

Локус Pax6 у позвоночных кодирует по меньшей мере 3 различные изоформы белка, которые составляют канонический Pax6, Pax6 (5а) и Pax6 (ΔPD).

Канонический белок Pax6 содержит N-терминальные парные домены, соединенные с помощью линкера с гомеодоменом парного типа, а также с пролин/серин/треонин (P/S/T)-богатым С-терминальным доменом. Парный домен и гомеодомен парного типа имеют ДНК-связывающие активности, в то время как P/S/T-богатая область обладает функцией трансактивации. Pax6(5a) — продукт альтернативного сплайсинга 5a экзона — результат вставки 14 радикалов в парную область, которая меняет особенность ДНК-связывающей активности. Последовательность нуклеотидов соответствует региону линкера, кодирующего набор из трех альтернативных триплетов, запускающих трансляцию, из которых образуется третья изоформа Pax6. Все вместе они известны как Pax6 (ΔPD), или непарные изоформы. Также все три генных продукта имеют парные домены. Непарные белки обладают молекулярными массами 43, 33 или 32 кДа, в зависимости от использования конкретного пускового триплета. Функция трансаткивации Pax6 объясняется переменной длиной C-терминального P/S/T-богатого домена, который простирается вплоть до 153 радикалов человеческих и мышиных белков.

СсылкиПравить

• MeSH PAX6+protein
• GeneReviews/NCBI/NIH/UW entry on Anophthalmia / Microphthalmia Overview
• GeneReviews/NCBI/NIH/UW entry on Aniridia
• OMIM entries on Aniridia