Finnlakeviridae

*Finnlakeviridae*
Finnlakeviridae
	; Электронная микрофотография вирионов Flavobacterium virus FLiP
Научная классификация
	Группа: Вирусы Реалм: Varidnaviria Семейство: Finnlakeviridae
Международное научное название
	Finnlakeviridae
Группа по Балтимору
	II: оцДНК-вирусы
NCBI	2732901

Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами^[2].

ОписаниеПравить

КапсидПравить

Структура вириона Flavobacterium phage FLiP, определённая с помощью криоэлектронной микроскопии

Вирион Flavobacterium phage FLiP состоит из икосаэдрического белкового капсида и внутренней оболочки. В вирион заключён геном, представленный кольцевой^[en] оцДНК. Диаметр вириона составляет около 59 нм. От вершин, в которых сходятся пять плоскостей, отходят пентамерные^[en] шипы длиной около 12 нм. Внутренняя поверхность белкового капсида покрыта липидным бислоем толщиной около 5 нм. Капсид состоит из молекул основного^[3] капсидного белка (англ. major capsid protein, MCP). Общая организация капсида напоминает таковую у фага Pseudoalteromonas phage PM2^[en], геном которого представлен двухцепочечной ДНК. MCP состоит из двух β-цилиндров, топология которых напоминает укладку jelly roll, далее они объединяются в тримеры^[en], формируя псевдогексамерные комплексы. Похожая организация MCP была описана у некоторых представителей царства Bamfordvirae^[en], таких как фаг Enterobacteria phage PRD1 из семейства Tectiviridae^[en]^[2].

Вирионы чувствительны к хлороформу, имеют плавучую плотность 1,21 г/л в растворе хлорида цезия и 1,18 г/л в растворе сахарозы^[4]. Среди липидов в вирионе преобладают церамиды. Липидный состав внутренней мембраны вириона отличается от такового у клетки бактерии-хозяина, следовательно, в ходе сборки вириона происходит селективный захват липидов из бактериальной клетки^[2].

ГеномПравить

Организация генома Flavobacterium phage FLiP

В состав вирионов Flavobacterium phage FLiP входит единственная копия генома длиной 9174 нуклеотида. Геном представлен кольцевой оцДНК и имеет GC-состав 34 %. По последовательности геномов Flavobacterium phage FLiP далёк от всех других известных в данный момент вирусов. В геноме предсказываются 16 кодирующих последовательностей (англ. coding sequences, CDS), расположенных в одной и той же ориентации. Пять CDS, а именно, CDS7–9, 11 и 14, кодируют структурные белки. По последовательности белковый продукт CDS14 напоминает некоторые литические трансгликозилазы, а белок CDS15 близок к белкам, задействованным в репликации по типу катящегося кольца^[2].

Жизненный циклПравить

Flavobacterium phage FLiP является литическим фагом и запускает лизис клетки-хозяина, при котором из неё выходят дочерние вирионы. CDS14, вероятно, кодирует ассоциированный с вирионом литический белок, который участвует в расщеплении пептидогликановой клеточной стенки инфицируемой бактерии. Собственных ДНК- и РНК-полимераз Flavobacterium phage FLiP не кодирует. Сходство белкового продукта CDS15 с белками, участвующими в репликации по типу катящегося кольца, позволяет предположить, что геном Flavobacterium phage FLiP удваивается по этому механизму, который используют многие другие оцДНК-содержащие вирусы. Отсутствие в геноме Flavobacterium phage FLiP генов, кодирующих предполагаемую АТФазу, задействованную в упаковке генома в капсид, свидетельствует, что загрузка генома в вирионы происходит по иному механизму^[2].

История изученияПравить

Flavobacterium phage FLiP был выделен в 2010 году вместе с его хозяином, грамотрицательной бактерией Flavobacterium^[en] (точнее, Flavobacterium sp. штамм B330.), из прибрежных пресных вод озера Ювясъярви^[d] (фин. Jyväsjärvi) в Финляндии^[2]. Выделение вируса в отдельное семейство Finnlakeviridae было предложено Международным комитетом по таксономии вирусов в 2019 году^[2]. Впоследствии оно было включено в состав реалма^[en] Varidnaviria, где является единственным семейством, представители которого имеют геномы в виде оцДНК^[5].

ПримечанияПравить

↑ Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
↑ ¹ ² ³ ⁴ ⁵ ⁶ ⁷ Mäntynen S., Laanto E., Sundberg L. R., Poranen M. M., Oksanen H. M., Report Consortium I. ICTV Virus Taxonomy Profile: Finnlakeviridae. (англ.) // The Journal Of General Virology. — 2020. — September (vol. 101, no. 9). — P. 894—895. — doi:10.1099/jgv.0.001488. — PMID 32840474. [исправить]
↑ Богомолова Елена Григорьевна. Создание и характеристика иммуногена на основе белков VP6 и VP8 от ротавируса группы A : диссертация. — СПб., 2019. Архивировано 22 июня 2021 года.
↑ Laanto E., Mäntynen S., De Colibus L., Marjakangas J., Gillum A., Stuart D. I., Ravantti J. J., Huiskonen J. T., Sundberg L.-R. Virus found in a boreal lake links ssDNA and dsDNA viruses (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2017. — 17 July (vol. 114, no. 31). — P. 8378—8383. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.1703834114. [исправить]
↑ Koonin E. V., Dolja V. V., Krupovic M., Varsani A., Wolf Y. I., Yutin N., Zerbini M., Kuhn J. H. Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins (англ.) (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (18 октября 2019). Дата обращения: 10 июня 2020. Архивировано 4 января 2022 года.

[1] Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).

[pmc-2] ¹ ² ³ ⁴ ⁵ ⁶ ⁷ Mäntynen S., Laanto E., Sundberg L. R., Poranen M. M., Oksanen H. M., Report Consortium I. ICTV Virus Taxonomy Profile: Finnlakeviridae. (англ.) // The Journal Of General Virology. — 2020. — September (vol. 101, no. 9). — P. 894—895. — doi:10.1099/jgv.0.001488. — PMID 32840474. [исправить]

[3] Богомолова Елена Григорьевна. Создание и характеристика иммуногена на основе белков VP6 и VP8 от ротавируса группы A : диссертация. — СПб., 2019. Архивировано 22 июня 2021 года.

[4] Laanto E., Mäntynen S., De Colibus L., Marjakangas J., Gillum A., Stuart D. I., Ravantti J. J., Huiskonen J. T., Sundberg L.-R. Virus found in a boreal lake links ssDNA and dsDNA viruses (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2017. — 17 July (vol. 114, no. 31). — P. 8378—8383. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.1703834114. [исправить]

[proposal-5] Koonin E. V., Dolja V. V., Krupovic M., Varsani A., Wolf Y. I., Yutin N., Zerbini M., Kuhn J. H. Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins (англ.) (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (18 октября 2019). Дата обращения: 10 июня 2020. Архивировано 4 января 2022 года.

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]