В силу своего географического положения острова Японии расположены сразу в трёх экозонах: экорегионы, которые охватывают основные острова архипелага (Хонсю, Хоккайдо, Кюсю, Сикоку), а также примыкающие к ним более мелкие острова, относятся к палеарктической экосистеме, острова Рюкю являются частью Индомалайской экозоны, а острова Огасавара — Индо-Тихоокеанской.
| Код | Английское название | Русское название |
|---|---|---|
| Палеарктическая экозона | ||
| 04 | Temperate Broadleaf & Mixed Forests | Умеренные широколиственные и смешанные леса |
| PA0423 | Hokkaido deciduous forests | Хоккайдоские лиственные леса |
| PA0427 | Nihonkai evergreen forests | Нихонкайские вечнозелёные леса |
| PA0428 | Nihonkai montane deciduous forests | Нихонкайские горные лиственные леса |
| PA0440 | Taiheiyo evergreen forests | Тайхейоские вечнозелёные леса |
| PA0441 | Taiheiyo montane deciduous forests | Тайхейоские горные лиственные леса |
| 05 | Temperate Coniferous Forests | Умеренные хвойные леса |
| PA0510 | Hokkaido montane conifer forests | Хоккайдоские горные хвойные леса |
| PA0511 | Honshu alpine conifer forests | Высокогорные хвойные леса Хонсю |
| Индомалайская экозона | ||
| 01 | Tropical & Subtropical Moist Broadleaf Forests | Тропические и субтропические влажные широколиственные леса |
| IM0171 | Nansei Islands subtropical evergreen forests | Субтропические вечнозелёные леса островов Нансей |
| Индо-Тихоокеанская экозона | ||
| 01 | Tropical & Subtropical Moist Broadleaf Forests | Тропические и субтропические влажные широколиственные леса |
| OC0109 | Ogasawara subtropical moist forests | Огасаварские субтропические влажные леса |