Победители десяти групп отборочного раунда и четыре лучшие сборные из числа финишировавших в таблице на втором месте продолжают борьбу в стадии плей-офф. При этом при определении лучших вторых сборных учитываются только матчи с командами, финишировавшими на первых, третьих, четвёртых и пятых местах. Если несколько из «вторых» команд набрали в этих матчах одинаковое количество очков, в силу вступают следующие критерии:
разница мячей;
количество голов;
количество голов на выезде;
рейтинг «фэйр-плей»;
жребий.
Если по окончании группового этапа две или более команд набрали равное количество очков, для определения первенства применяются следующие критерии:
количество очков, набранных в матчах между данными командами;
разница мячей в матчах между данными командами;
количество забитых голов в матчах между данными командами;
количество голов в матчах между данными командами, забитых гостями.
Если после применения критериев 1, 2, 3 и 4 две команды по-прежнему имеют равные показатели, эти же критерии применяются ещё раз уже только для этих двух команд. Если и это не приводит к результату, применяются критерии 5 и 6.
результаты всех матчей в группе: 1) разница мячей, 2) количество забитых голов;
жребий.
Если две команды имеют абсолютно идентичные показатели перед последним матчем в группе и играют вничью, то по окончании основного времени проводится серия пенальти.
Первые матчи состоялись 11 и 12 октября, вторые матчи 15 и 16 октября 2012 года. Семь победителей матчей прошли в финальный турнир, который проходил в Израиле.
Жеребьевка стыковых матчей прошла 14 сентября 2012 года в Ньоне, Швейцария, в которой были определены семь пар и порядок матчей дома и в гостях. Семь команд с наивысшим турнирным коэффициентом попали в корзину для сеяных команд и были посеяны с несеяными командами. Команды из одной группы не могли оказаться в одной паре.
Коэффициент каждой команды был вычислен по следующей формуле:
Ниже представлены лучшие бомбардиры отборочного турнира чемпионата Европы по футболу среди молодёжных команд 2013. Игроки, участвовавшие в стыковых матчах, выделены курсивом.