Фармакофор

Фармакофо́р (от др.-греч. φάρμακον «лекарство» и φορός «несущий») — это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных взаимодействий с определённой биологической мишенью^[en], которые могут вызывать (или блокировать) её биологический ответ^[1]. Модель фармакофора позволяет объяснить, за счёт чего структурно разнородные лиганды взаимодействуют с одними и теми же сайтами рецепторов.

Пример фармакофорной модели.

Под фармакофорными признаками (элементами) обычно понимаются фармакофорные центры и их взаимное расположение в пространстве, необходимые для проявления данного типа биологической активности. Типичными фармакофорными центрами при этом являются гидрофобные области, ароматические циклы, доноры и акцепторы водородной связи, анионные и катионные центры. Для более детального описания фармакофора часто используют гидрофобные и исключённые объёмы, а также допустимые интервалы пространственной ориентации векторов водородных связей и плоскостей ароматических колец.

История концепции фармакофораПравить

Первый фармакофор был построен Монти Киром^[en] в 1967 году^[2], а сам термин был им предложен в 1971^[3]^[4]. Часто этот термин ошибочно приписывают Паулю Эрлиху, однако ни в обычно предлагаемом источнике^[5], ни в других его работах данная концепция не упоминается и не используется^[4].

ИспользованиеПравить

Фармакофорный поиск широко используется при виртуальном скрининге библиотек химических соединений, особенно в ситуациях, когда строение биологической мишени неизвестно или сама мишень не определена. При фармакофорном поиске проводится поиск соответствия между описанием фармакофора и характеристиками молекул из базы данных, находящихся в допустимых конформациях.

Программное обеспечение для моделирования фармакофоровПравить

Discovery Studio (недоступная ссылка с 13-05-2013 [3587 дней] — история) — от Accelrys
LigandScout (external link) — от Inte: ligand
Phase — от Schroedinger
MOE (недоступная ссылка с 13-05-2013 [3587 дней] — история) — от Chemical Computing Group
ICM Pro (https://web.archive.org/web/20090302185720/http://www.molsoft.com/gui/ph4.html)
DISCOtech (http://www.tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,&page=sybyl_discotech)
PharmaGist (http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PharmaGist/)

ИсточникиПравить

↑ Wermuth, C. G. Glossary of terms used in medicinal chemistry : (IUPAC Recommendations 1998) : [англ.] : [арх. 16 июня 2011] / C. G. Wermuth, C. R. Ganellin, P. Lindberg … [et al.] // Pure and Applied Chemistry. — 1998. — Vol. 70, no. 5. — P. 1129—1143. — doi:10.1351/pac199870051129.
↑ Kier, L. B. Molecular orbital calculation of preferred conformations of acetylcholine, muscarine, and muscarone : [англ.] // Molecular Pharmacology. — 1967. — Vol. 3, no. 5. — P. 487—494. — ISSN 1521-0111. — PMID 6052710.
↑ Kier, L. B. Molecular orbital theory in drug research : [англ.]. — New York : Academic Press, 1971. — P. 164—169. — 258 p. — ISBN 0124065503.
↑ ¹ ² Van Drie, J. H. Monty Kier and the Origin of the Pharmacophore Concept : [англ.] : [арх. 16 мая 2011] // Internet Electronic Journal of Molecular Design. — 2007. — Vol. 6, no. 9. — P. 271—279. — ISSN 1538-6414.
↑ Ehrlich, P. Über den jetzigen Stand der Chemotherapie : [нем.] : [арх. 20 мая 2014] // Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft. — 1909. — Bd. 42, H. 1. — S. 17—47. — doi:10.1002/cber.19090420105.

ЛитератураПравить

Osman F. Güner (2000) Pharmacophore Perception, Development, and use in Drug Design ISBN 0-9636817-6-1 Содержимое и введение
Thierry Langer and Rémy D. Hoffmann (2006) Pharmacophores and Pharmacophore Searches ISBN 3-527-31250-1 Содержимое и введение (недоступная ссылка с 13-05-2013 [3587 дней] — история)

[IUPAC-1] Wermuth, C. G. Glossary of terms used in medicinal chemistry : (IUPAC Recommendations 1998) : [англ.] : [арх. 16 июня 2011] / C. G. Wermuth, C. R. Ganellin, P. Lindberg … [et al.] // Pure and Applied Chemistry. — 1998. — Vol. 70, no. 5. — P. 1129—1143. — doi:10.1351/pac199870051129.

[kier1967-2] Kier, L. B. Molecular orbital calculation of preferred conformations of acetylcholine, muscarine, and muscarone : [англ.] // Molecular Pharmacology. — 1967. — Vol. 3, no. 5. — P. 487—494. — ISSN 1521-0111. — PMID 6052710.

[kier1971-3] Kier, L. B. Molecular orbital theory in drug research : [англ.]. — New York : Academic Press, 1971. — P. 164—169. — 258 p. — ISBN 0124065503.

[drie-4] ¹ ² Van Drie, J. H. Monty Kier and the Origin of the Pharmacophore Concept : [англ.] : [арх. 16 мая 2011] // Internet Electronic Journal of Molecular Design. — 2007. — Vol. 6, no. 9. — P. 271—279. — ISSN 1538-6414.

[ehrlich-5] Ehrlich, P. Über den jetzigen Stand der Chemotherapie : [нем.] : [арх. 20 мая 2014] // Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft. — 1909. — Bd. 42, H. 1. — S. 17—47. — doi:10.1002/cber.19090420105.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]