Сульфатредуцирующие бактерии

Сульфатредуци́рующие прокарио́ты (другие названия — десульфатирующие, сульфидогенные) — разнородная группа анаэробных прокариотов (бактерий и архей), способных получать энергию в анаэробных условиях за счёт сульфатного дыхания — окисления водорода или других неорганических или органических веществ, используя в качестве конечного акцептора электронов сульфат^[1].

Desulfovibrio vulgaris (Proteobacteria) — один из самых изученных видов сульфатредукторов

Возраст древнейших ископаемых остатков сульфатредукторов оценивают в 3,5 миллиардов лет, таким образом их рассматривают в числе древнейших живых организмов, участвовавших в круговороте серы вскоре после зарождения жизни на Земле^[2]. Предполагается, что сульфатредукторы стали доминирующей формой жизни в ставших анаэробными океанах во время события Великого вымирания на границе пермского и триасового периодов (около 250 млн лет назад) и именно они ответственны за массовое формирование и отложение сероводорода в этот период^[3].

МетаболизмПравить

C точки зрения метаболических путей cульфатредукторы — довольно разнообразная группа прокариотов, включающая в том числе и таких представителей, которые наряду с сульфатным дыханием способны реализовывать и другие пути диссимиляции питательных субстратов. Терминальными акцепторами электронов у них также могут становиться фумарат (фумаратное дыхание), нитраты и нитриты (денитрификация), трёхвалентное железо (железистое дыхание) и диметилсульфоксид^[4].

Большинство видов рассматриваются как облигатные анаэробы, хотя для ряда представителей показана аэротолерантность — способность переносить присутствие кислорода^[5]^[1]. Аэротолерантные сульфатредукторы используют ферменты, нейтрализующие активные формы кислорода (каталазы, супероксиддисмутазы, пероксидазы, супероксидредуктазы), а также различные способы химического восстановления молекулярного кислорода, в том числе в дыхательной цепи с синтезом АТФ^[5]^[6]. Тем не менее даже способные к кислородному дыханию сульфатредукторы не могут расти в аэробных условиях, переходя малоактивное состояние^[5].

Диссимиляционное восстановление сульфата (сульфатное дыхание) предполагает, что осуществляющий его организм хемотрофен, то есть использует в качестве источника энергии окислительно-восстановительные реакции. При этом разные сульфатредукторы по отношению к источнику органических веществ оказываются автотрофами и гетеротрофами, а по отношению к природе окисляемому в ходе дыхания субстрату — литотрофами и органотрофами^[1].

Органотрофные представители окисляют широкий круг органических веществ: метан (окисляется до гидрокарбоната), углеводы, спирты, органические кислоты (в том числе жирные, до C₁₈), аминокислоты и ароматические соединения^[6]. В частности, способность некоторых сульфатредукторов к росту на ароматических углеводородах позволяет использовать их для биологической очистки почв и водоносных горизонтов от загрязнения бензолом, толуолом, ксилолом, этилбензолом и некоторыми другими нефтепродуктами^[2].

Большинство литотрофных сульфатредукторов осуществляют окисление молекулярного водорода. Некоторые виды способны окислять угарный газ и железо.

4CO + 4H₂O → 4CO₂ + 4H₂ (ΔG = −80 кДж/моль)

4H₂ + SO₄²⁻ + 2H⁺ → H₂S + 4H₂O (ΔG = −152 кДж/моль)

Некоторые виды способны к брожению: пируват до ацетата, малат до сукцината, пропионата и ацетата, сахара до ацетата, этанола, лактата. Во всех случаях^[чего?] образуются также CO₂ и H₂^[1].

Сульфатное дыханиеПравить

Конечным акцептором электронов при сульфатном дыхании в большинстве случаев служит ион сульфата. Некоторые виды помимо сульфата способны вовлекать в этот процесс другие соединения серы (тиосульфат, сульфит, молекулярную серу), однако часть исследователей не относит эти пути к собственно сульфатному дыханию. В частности, диссимиляционное восстановление серы называют серным дыханием.

Конечным продуктом восстановления сульфата оказывается сульфид (S²⁻) через образование в качестве промежуточного продукта сульфита (S0₃²⁻). Для участия в процессе сульфат активируется молекулой АТФ с образованием аденозинфосфосульфата (АФС) и пирофосфата (ФФ_н). Далее сера в составе АФС восстанавливается с образованием сульфита (S0₃²⁻) и АМФ. В ходе дальнейших реакций сульфит у разных видов прокариотов восстанавливается по одному из двух следующих путей:

1) SO₃²⁻ → S²⁻ + 3H₂O + Δμ_H

2) SO₃²⁻ → S₃O₆²⁻ → S₂O₃²⁻ → S²⁻

Часть реакций протекает на белках и белковых комплексах, связанных с цитоплазматической мембраной. Предполагают также, что существует АТФ-дифосфатаза^[en], способная регенерировать АТФ из АМФ и пирофосфата с затратами энергии протонного градиента.

Сульфатредукция — обратимый процесс. Ряд сульфатредукторов могут осуществлять реакции диспропорционирования промежуточных продуктов (сульфит, тиосульфат) до сульфида и сульфата с выделением энергии^[6].

Другие варианты дыханияПравить

Известен организм — Desulfocapsa thiozymogenes^[en] — способный расти, используя в качестве единственных источников энергии сульфит или тиосульфат. Также эта бактерия способна диспропорционировать серу (на те же продукты, однако эта реакция (ΔG = +10 кДж/моль), видимо, сама по себе не вносит вклада в запасание энергии). Ещё эта бактерия способна с низкой скоростью расти в присутствии метагидроксида железа (FeO(OH)), восстанавливая его до сульфида железа(II), попутно окисляя сульфид до серы (сумму этой реакции и реакции диспропорционирования серы можно рассматривать как вариант неорганического брожения: сера + гидроксид (3) → сульфид (2) + сульфат, ΔG = −34 кДж/моль в пересчёте на серу).

Некоторые представители группы способны к восстановительному дехлорированию (связь C—Cl восстанавливают до связи C—H):

Известен представитель Desulfomonile tiedjei^[en], способный использовать в качестве акцептора электронов 3-хлорбензойную кислоту и другие м-хлорароматические соединения (восстанавливает их до бензоата).

Представитель Dehalospirillum multivorans способен расти с использованием в качестве донора электронов водорода, и в качестве акцептора — промышленный растворитель тетрахлорэтен (восстанавливает до цис-дихлорэтена).

Ассимиляционная сульфатредукцияПравить

Обобщенная схема реакций ассимиляционной и диссимиляционной сульфатредукции

Следует различать диссимиляционную сульфатредукцию (сульфатное дыхание) и ассимиляционную сульфатредукцию, служащую не для создания протонного градиента на цитоплазматической мембране и выработки энергии, а для включения серы в состав органических соединений. Данный путь известен для многих организмов — прокариот, грибов, растений. Процесс ассимиляции идёт медленнее диссимиляционного пути и не приводит к накоплению больших количеств сероводорода, а сульфид на выходе включается в состав серосодержащих аминокислот^[1]. Cульфатредуктазы, задействованные в ассимиляционном процессе, не связаны с клеточными мембранами и представлены глобулярными белками. В ходе реакций ассимиляции сульфата образуются следующие продукты:

АФС → фосфоаденозинфосфосульфат (ФАФС) → фосфоаденозинфосфат (ФАФ) + SO₃²⁻ → S²⁻

Ассимиляция углеродаПравить

На данный момент доказана способность некоторых сульфатредукторов расти автотрофно. Ассимиляция CO₂ осуществляется либо по ацетил-КоА пути, либо по пути восстановительного ЦТК.

Фиксация азотаПравить

Для многих представителей группы характерна способность к азотофиксации.

Краткая схема нитрогеназной реакции и путей восстановления ферредоксина

КатаболизмПравить

Продуктами катаболизма органических соединений у разных сульфатредукторов являются либо углекислый газ («полное окисление», обычно происходит либо в реакциях модифицированного ЦТК, либо (чаще) в реакциях обратных ацетогенезу), либо углекислый газ и ацетат («неполное окисление», этот вариант подразумевает окисление органики до ацетил-КоА, который далее окисляться непосредственно не может, и преобразуется в цепи реакций, напоминающих либо «замкнутый» ЦТК, либо обращённый ацетил-КоА-путь ассимиляции углекислого газа)^[1].

ЭкологияПравить

Роль в экосистемахПравить

Обычно обитают в донных морских осадках (в отличие от метаногенов, растущих обычно в осадках пресных водоёмов) или встречаются в водоёмах, богатых разлагающейся органикой. Входят в состав сульфидогенных микробных сообществ. Большая часть сероводорода на планете генерируется именно в процессах сульфатного дыхания и диссимиляционной сульфаторедукции. Значительная часть органики в донных осадках разлагается именно сульфидогенными сообществами. Представители группы являются важным звеном в глобальном круговороте серы. Это основной источник сульфидов для аноксигенного фотосинтеза других прокарий ^[7]^[8].

Именно сульфатредукторы ответственны за характерный запах илов и некоторых солончаков, за характерный чёрный оттенок осадочных пород (то есть за наличие в них сульфидов металлов).

Обычно конкурируют с метаногенами за водород и другие субстраты.

Сульфатредукторы способны расти при более низких концентрациях водорода (реакция сульфатредукции энергетически выгоднее) и обычно доминируют над метаногенами, подавляют их. Способны использовать более широкий набор субстратов.

В сообществе сульфатредукторы, в первую очередь, осуществляют сток водорода (что обеспечивает работу синтрофов и поддерживает благоприятный термодинамический баланс сообщества). Немаловажна способность сулльфатредукторов использовать лактат (образуемый молочнокислыми бактериями) — и таким образом предотвращать закисление среды. Ценой за энергетические выгоды, утилизацию метана, лактата и водорода, помощь в утилизации ацетата, жирных кислот, служит образование сероводорода (обычная концентрация 2—3 мМ, это же — порог для существования большинства видов), который угнетает большинство сообществ (за исключением тиофильных, способных существовать при более высоких концентрациях сульфида) ^[6]^[8].

Для сульфидогенных сообществ важным лимитирующим фактором является приток сульфата извне. Регенерация сульфата в сообществе возможна двумя путями: верхние члены сообщества окисляют сероводород аэробно либо аноксигенные фототрофные бактерии — члены сообщества окисляют его анаэробно.

Говоря о конкуренции метаногенной и сульфидогенной флоры, нужно также упомянуть о существовании «неконкурентного» пути метаболизма одноуглеродных соединений: например, сульфатредукторы могут вырабатывать метанол, который сами далее не используют — и его могут свободно использовать присутствующие в сообществе метаногены.

Накопление сульфида в водоёмах может приводить к замору рыб (равно как и других обитателей этих водоёмов).

Коррозия конструкцийПравить

Образование биоплёнок (важной частью которых как раз и являются сульфатредукторы) на поверхностях труб в нефтепроводах является одной из существенных проблем транспортировки и добычи нефти.

Масштабы коррозии, вызванной жизнедеятельностью сульфатредукторов, огромны. По подсчётам ^[9] за 1956 г. ущерб от биологической коррозии труб и конструкций нефтяных сооружений составил около 600 млн. долларов в США, порядка 20 млн. фунтов стерлингов в Англии и порядка 0,2 млн. долларов в Японии.

Коррозии подвергаются не только трубы из сплавов железа, но и иные конструкции из тех же, равно как и из других сплавов (например, алюминия), а также бетонные конструкции. Показано, что к коррозии в присутствии сульфатредукторов устойчивы олово, цинк, свинец (возможно, ввиду их токсичности) ^[9].

Механизм коррозии описывают как катодную деполяризацию. На примере железа и его сплавов (более изученный случай). С одной стороны, железо медленно корродирует в кислой среде и на поверхности металл-раствор образуется плёнка молекулярного водорода, защищающая металл от дальнейшей коррозии. Показано, что не только сульфатредукторы, но и другие бактерии, обладающие гидрогеназами, способны расходовать этот водород в своих метаболитических процессах, что ведёт к ускорению коррозии железа. Дополнительный вклад в ускорение коррозии вносит и то, что ионы железа могут связываться в сульфид или в гидроксид (образуются дополнительные гальванические пары на поверхности металла) ^[9]. Помимо этого ионы железа могут транспортироваться внутрь клетки и использоваться для метаболитических нужд.

Гидрогеназы — в основном, локализованные в периплазматическом пространстве трансмембранные ферментативные комплексы^[7]. Содержат Fe, Ni, Fe-S-кластеры.

Схема коррозии железа, протекающей в присутствии бактериальных клеток, снабжённых мембранносвязанными гидрогеназами (на примере сульфатредукторов).

Описывают микробиоценозы из железобактерий и сульфатредукторов, ускоряющие коррозию водопроводов. И сообщества из мицелиальных грибов, бактерий рода Pseudomonas и сульфатредукторов, ускоряющих коррозию алюминиевых конструкций^[9].

В силу способности окислять метан до гидрокарбоната в присутствии сульфата, могут мешать добыче метана и его транспортировке.

ПредставителиПравить

К группе относят организмы с различными морфологическими, физиологическими, биохимическими признаками, организмы с сильно различными геномами (например, диапазон доли ГЦ-оснований — 37—67 %)^[1].

Бактерии Править

По состоянию на 2009 год известно 220 видов сульфатредукторов в 60 родах, являющихся представителями пяти неродственных групп^[10]^[6]^[7].

Тип Firmicutes

Роды Desulfotomaculum, Desulfosporomusa, Desulfosporosinus, Thermodesulfobium — грамположительные, разные по морфологии. Образуют эндоспоры. Способны к полному и к неполному окислению субстратов. Некоторые — автотрофы, азотфиксаторы, термофилы. Содержат цитохромы c и b, не содержат десульфовиридина.

Тип Proteobacteria
- Класс Deltaproteobacteria
  - Род Desulfobacter — палочки, полностью окисляющие ацетат и этанол, некоторые способны к автотрофии
  - Род Desulfobacterium — мелкие палочки с полным окислением субстратов, некоторые — автотрофы
  - Род Desulfobulbus — элипсоидные клетки с неполным окислением ацетата и этанола, некоторые способны окислять молекулярный водород
  - Род Desulfococcus — кокки, полностью окисляющие субстраты
  - Род Desulfomicrobium — мелкие палочки, в процессе изучения
  - Род Desulfonema — нити, способные к скользящему движению и полностью окисляющие ацетат
  - Род Desulfomonas — палочки с полярными жгутиками, неполное окисление ацетата
  - Род Desulfosarcina — крупные кокки в кубоидных пакетах, полностью окисляют ацетат
  - Род Desulfovibrio — подвижные вибрионы, содержат цитохромы c и b, десульфовиридин. Характерен незамкнутый ЦТК
Тип Nitrospirae

Род Thermodesulfovibrio

Тип Thermodesulfobacteria

Род Thermodesulfobacterium — термофильные палочки, с неполным окислением субстратов

Сульфатредукторы, окисляющие субстраты полностью, описаны в большом количестве. Остальных называют «неполными окислителями». И эти последние растут гораздо быстрее и легче выделяются из сообществ.

Археи Править

Род Archaeoglobus (типовый вид A. fulgidus). Археи с нерегулярной формой клеток. Выделены из горячих морских осадков вблизи гидротермальных подводных источников, из чёрных курильщиков Срединно-Атлантического хребта, из нефтяных скважин Северного моря, из-под замёрзшей поверхности северного склона Аляски. Могут существовать и как авто- и как гетеротрофы. Осуществляют сульфатное и сульфитное дыхание. Не могут использовать в качестве акцепторов электронов нитраты и нитриты. В процессе роста выделяют сероводород и метан (последний образуется иначе, нежели у метаногенов). По результатам секвенирования группа родственна метаногенам. Кроме сульфата акцептором электронов могут быть: элементарная сера, сульфит, тиосульфат, железо (3). Серу не восстанавливают. Донорами электронов могут быть: глюкоза, формиат, формамид, пируват, лактат, ацетат, изопропанол, этанол, фумарат, водород (по некоторым данным — последний не годится для роста с сульфатом)^[11].

Роды Thermocladium и Caldivirga. Найдены близ гидротермальных источников и нефтяных месторождений^[10].

ПримечанияПравить

↑ ¹ ² ³ ⁴ ⁵ ⁶ ⁷ Гусев М. В., Минеева Л. А. Микробиология. — М.: МГУ, 2004. — С. 388—393. — 448 с.
↑ ¹ ² Barton, L. L., Fauque, G. D. Biochemistry, physiology and biotechnology of sulfate-reducing bacteria // Advances in Applied Microbiology. — 2009. — Vol. 68. — P. 41—98. — doi:10.1016/s0065-2164(09)01202-7.
↑ Ward P. W. Impact from the Deep (неопр.). Scientific American (октябрь 2006). Дата обращения: 27 декабря 2020. Архивировано 27 ноября 2020 года.
↑ Plugge C. M., Zhang W., Scholten J. C. M., Stams A. J. M. Metabolic flexibility of sulfate-reducing bacteria // Frontiers in Microbiology. — 2011. — Vol. 2. — P. 81. — doi:10.3389/fmicb.2011.00081. — PMID 21734907.
↑ ¹ ² ³ Kjeldsen K. U., Joulian C., Ingvorsen K. Oxygen tolerance of sulfate-reducing bacteria in activated sludge // Environmental Science and Technology. — 2004. — Vol. 38, № 7. — P. 2038—2043. — doi:10.1021/es034777e. — PMID 15112804.
↑ ¹ ² ³ ⁴ ⁵ Современная микробиология. Прокариоты: В 2 т. / Под ред. Й. Ленглера, Г. Древса, Г. Шлегеля. — М.: Мир, 2005. — С. 363—368.
↑ ¹ ² ³ Нетрусов А. И, Котова И. Б. Микробиология: учебник для студентов вузов. — М.: Академия, 2006. — С. 136—139, 211—215. — 352 с.
↑ ¹ ² Заварзин Г. А, Колотилова Н. Н. Введение в природоведческую микробиологию. — М.: Книжный дом «Университет», 2001. — С. 238—240. — 256 с.
↑ ¹ ² ³ ⁴ Промышленная микробиология / Егоров Н. С. (ред.). — М.: Высшая школа, 1989. — С. 669—672. — 688 с.
↑ ¹ ² перевод англоязычной версии статьи
↑ Воробьёва Л. И. Археи: учебное пособие для вузов. — М.: Академкнига, 2007. — С. 314—315. — 447 с.

[gusev-1] ¹ ² ³ ⁴ ⁵ ⁶ ⁷ Гусев М. В., Минеева Л. А. Микробиология. — М.: МГУ, 2004. — С. 388—393. — 448 с.

[barton-2] ¹ ² Barton, L. L., Fauque, G. D. Biochemistry, physiology and biotechnology of sulfate-reducing bacteria // Advances in Applied Microbiology. — 2009. — Vol. 68. — P. 41—98. — doi:10.1016/s0065-2164(09)01202-7.

[3] Ward P. W. Impact from the Deep (неопр.). Scientific American (октябрь 2006). Дата обращения: 27 декабря 2020. Архивировано 27 ноября 2020 года.

[4] Plugge C. M., Zhang W., Scholten J. C. M., Stams A. J. M. Metabolic flexibility of sulfate-reducing bacteria // Frontiers in Microbiology. — 2011. — Vol. 2. — P. 81. — doi:10.3389/fmicb.2011.00081. — PMID 21734907.

[kjeldsen-5] ¹ ² ³ Kjeldsen K. U., Joulian C., Ingvorsen K. Oxygen tolerance of sulfate-reducing bacteria in activated sludge // Environmental Science and Technology. — 2004. — Vol. 38, № 7. — P. 2038—2043. — doi:10.1021/es034777e. — PMID 15112804.

[sovmicra-6] ¹ ² ³ ⁴ ⁵ Современная микробиология. Прокариоты: В 2 т. / Под ред. Й. Ленглера, Г. Древса, Г. Шлегеля. — М.: Мир, 2005. — С. 363—368.

[netrusov-7] ¹ ² ³ Нетрусов А. И, Котова И. Б. Микробиология: учебник для студентов вузов. — М.: Академия, 2006. — С. 136—139, 211—215. — 352 с.

[prir-8] ¹ ² Заварзин Г. А, Колотилова Н. Н. Введение в природоведческую микробиологию. — М.: Книжный дом «Университет», 2001. — С. 238—240. — 256 с.

[prommicra-9] ¹ ² ³ ⁴ Промышленная микробиология / Егоров Н. С. (ред.). — М.: Высшая школа, 1989. — С. 669—672. — 688 с.

[translate-10] ¹ ² перевод англоязычной версии статьи

[arhea-11] Воробьёва Л. И. Археи: учебное пособие для вузов. — М.: Академкнига, 2007. — С. 314—315. — 447 с.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]