Рибозим типа hammerhead

Рибозимы типа hammerhead — это малые саморазрезающие РНК, которые имеют консервативную последовательность и обнаружены у некоторых вироидов и ассоциированы с сателлитными РНК некоторых вирусов растений.^[2]

Вторичная структура фрагмента RZ+ рибозима NC_003540.

Трехмерная структура полного рибозима типа Hammerhead, выделенный из вида Schistosoma mansoni ^[1]

Впервые рибозимы типа hammerhead были открыты у вириоидов растений, такие рибозимы катализировали сиквенс-специфичное разрезание фосфо-диэфирных связей в молекулах РНК благодаря специфической третичной структуре.^[3]^[4] Вторичная структура напоминает головку молотка — англ. hammerhead.

СаморепликацияПравить

Данный рибозим способен самореплицироваться. Репликация происходит по типу катящегося колеса^[5]. РНК надрезается в точке начала катящегося кольца. К освободившемуся 3'-концу этой цепи начинают пристраиваться свободные дезоксинуклеотиды. По мере удлинения дочерней цепи РНК 5'-конец из материнского кольца вытесняется. Когда 3'- и 5'-концы встретятся в одной точке, синтез РНК прекращается и дочернее кольцо отделяется от материнского.

СсылкиПравить

Вторичная структура рибозима Hammerhead (рус.). Virtual Laboratory Wiki. — (изображения). Дата обращения: 2009-15-10. Архивировано 19 марта 2012 года.

О незначимости энергетической оценки при моделировании РНК - исследование в Викиверситете, по моделированию третичной структуры на примере рибозима типа hammerhead

Третичная структура вироидного рибозима организма Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, предсказанная с помощью ПО RNAInSpace на YouTube А.Н. Борисов, С.С. Яковлев. Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот (рус.).

Модельная траектория сворачивания вироидного рибозима организма Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, предсказанная с помощью ПО RNAInSpace на YouTube А.Н. Борисов, С.С. Яковлев. Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот (рус.).

См. такжеПравить

ПримечанияПравить

↑ Martick M., Scott W. G. Tertiary contacts distant from the active site prime a ribozyme for catalysis (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2006. — Vol. 126, no. 2. — P. 309—320. — doi:10.1016/j.cell.2006.06.036. — PMID 16859740.
↑ Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNAs of a virusoid and a structural model for the active sites (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1987. — Vol. 49, no. 2. — P. 211—220.
↑ Prody G. A., Bakos J. T., Buzayan J. M., Schneider I. R., Bruening G. Autolytic Processing of Dimeric Plant Virus Satellite RNA (англ.) // Science : journal. — 1986. — Vol. 231, no. 4745. — P. 1577—1580. — doi:10.1126/science.231.4745.1577.
↑ Hutchins C. J., Rathjen P. D., Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNA transcripts of avocado sunblotch viroid (англ.) // Nucleic Acids Res. (англ.) (рус. : journal. — 1986. — Vol. 14, no. 9. — P. 3627—3640.
↑ Flores R, Navarro JA, de la Peña M, Navarro B, Ambrós S, Vera A. Viroids with hammerhead ribozymes: some unique structural and functional aspects with respect to other members of the group // Biol. Chem.. — 1999. — Т. 380, № 7—8. — С. 849—854.

[1] Martick M., Scott W. G. Tertiary contacts distant from the active site prime a ribozyme for catalysis (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2006. — Vol. 126, no. 2. — P. 309—320. — doi:10.1016/j.cell.2006.06.036. — PMID 16859740.

[2] Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNAs of a virusoid and a structural model for the active sites (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1987. — Vol. 49, no. 2. — P. 211—220.

[3] Prody G. A., Bakos J. T., Buzayan J. M., Schneider I. R., Bruening G. Autolytic Processing of Dimeric Plant Virus Satellite RNA (англ.) // Science : journal. — 1986. — Vol. 231, no. 4745. — P. 1577—1580. — doi:10.1126/science.231.4745.1577.

[4] Hutchins C. J., Rathjen P. D., Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNA transcripts of avocado sunblotch viroid (англ.) // Nucleic Acids Res. (англ.) (рус. : journal. — 1986. — Vol. 14, no. 9. — P. 3627—3640.

[5] Flores R, Navarro JA, de la Peña M, Navarro B, Ambrós S, Vera A. Viroids with hammerhead ribozymes: some unique structural and functional aspects with respect to other members of the group // Biol. Chem.. — 1999. — Т. 380, № 7—8. — С. 849—854.

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]